MRSA - Rapidní celogeninové sekvencní dopady na kontrolu infekce

Vedci zjistili, ze sekvenování celého genomu muze ovlivnit kontrolu infekce a lécbu pacienta kvuli klinicky relevantním údajum, které poskytuje o prenosu bakterií. Ve spolupráci s výzkumnými pracovníky Illumina vedci z Wellcome Trust Sanger Institute v Cambridge University vyuzili celé sekvence genomu, aby zjistili, které izoláty methicilinu rezistentního Staphylococcus aureus (MRSA) byly soucástí nemocnicního ohniska, nebot soucasné laboratorní techniky casto nedokází rozlisit MRSA izoláty.
Nová studie, publikovaná v New England Journal of Medicine, ukázalo, ze sekvenování celého genomu muze nejen rychle poskytnout presná data, ale také jasne rozlisuje mezi izoláty MRSA.
Infekce MRSA je vedoucím problémem verejného zdraví. Podle amerických odhadu z roku 2008 bylo 15 249 úmrtí pripisováno 89 875 invazivním MRSA infekcím. V prumeru pacienti s infekcí MRSA strávili dvakrát v nemocnici dvakrát v porovnání s jinými pacienty, kterí prisli ze stejných duvodu. Dlouhodobé pobyty v nemocnici a lécba k lécbe techto typu infekcí zvysují náklady na zdravotní péci.

Za úcelem lepsí kontroly infekce související se zdravotní pécí je velmi dulezité rychle a presne identifikovat prenos bakterií.
Vedoucí vedecký pracovník, profesor Sharon Peacock z Cambridge University vysvetluje:

"Dulezitým omezením soucasné metodiky kontroly infekce je to, ze dostupné metody typování bakterií nemohou rozlisovat mezi ruznými kmeny MRSA. Úcelem nasí studie bylo zjistit, zda by bylo mozné pouzít sekvenci celého genomu MRSA pro rozlisení mezi príbuznými kmeny na genomové úrovni , a pokud by to informovalo a vedlo vysetrování ohnisek. "

Výzkumníci zalozili svou studii na výskytu MRSA u neonatální jednotky intenzivní péce, která jiz byla ukoncena, získávání vzorku a jejich sekvencování v reálném case. Objevili, ze celé sekvenování genomu umoznilo rozlisovat mezi kmeny, které byly soucástí epidemie, a temi, které nebyly. To ukázalo, ze ohnisko mohlo být identifikováno rychleji ve srovnání se soucasnými klinickými testy, a tudíz potenciálne snízit velikost vypuknutí.

Vedoucí výzkumný pracovník, Dr. Geoffrey Smith, hlavní reditel výzkumu Illumina prohlásil:

"Tato studie demonstruje, jak pokroky v celém genomovém sekvencování mohou poskytnout základní informace, které pomohou pri boji proti vypuknutí nemocnic v klinicky relevantních dobách obratu. rozlisit ruzné kmeny MRSA v nemocnici, jsme také byli schopni rychle charakterizovat antibiotickou rezistenci a toxinové geny prítomné v klinických izolátech. "

Tým následne vytvoril seznam vsech genu MRSA, které zpusobují rezistenci vuci antibiotikum, a umoznují tak rychlou identifikaci rezistence vuci lékum v kmenech MRSA, které pomohou zdravotnickým pracovníkum pri lécbe kazdého infikovaného pacienta s nejvhodnejsí lécbou. Dále poskytuje silný nástroj k objevení nových mechanismu rezistence vuci lékum.
MRSA generuje ruzné unikátní toxiny, které mohou vést k závazným klinickým syndromum, jako je septický sok, pneumonie a komplikované infekce kuze a mekkých tkání. Vedci vyvinuli seznam toxinových genu, aby rychle identifikovali tyto geny, které se vyskytují v kmenech MRSA. V soucasnosti mohou být tyto toxiny identifikovány pouze s více testy v referencních laboratorích.
Prední autor Dr. Julian Parkhill z Wellcome Trust Sanger Institute poznamenal:

"Odlisnost mezi kmeny je dulezitá pro rízení kontroly infekce Rychlá akce je nezbytná pro kontrolu podezrení na ohnisko, ale je stejne dulezité identifikovat nesouvisející kmeny, aby se zabránilo zbytecnému uzavrení oddelení a dalsím rusivým kontrolním opatrením. identifikovat ohnisko a následne zpracovávat data Soucasné klinické metody pro vytvorení vazeb mezi príbuznými kmeny porovnávají vzorec bakteriální citlivosti s profilem antibiotik Metoda byla nepresná Identifikovali jsme dva kmeny MRSA, soucasné metody byly geneticky velmi odlisné. "

Nakonec se sekvenování celého genomu stane soucástí rutinní zdravotní péce a tyto nálezy prispely k podpore sekvence celého genomu pri kontrole MRSA a dalsích epidemií v nemocnicním prostredí.
Profesor Peacock dospel k záveru: "Dalsím krokem je vývoj interaktivních nástroju, které poskytují automatizovanou interpretaci sekvence genomu a poskytují klinicky významné informace zdravotnickým pracovníkum, coz je nezbytný pokrok predtím, nez je tato moznost zavedena do klinické praxe."
Napsal Petra Rattue