Vedci crunch "velké údaje" produkovat nový katalog geny rakoviny ridicu

Abychom lépe porozumeli rakovine a rozvíjeli lécebné postupy, vedci tezí z bohatých genetických dat, které jsou nyní k dispozici k identifikaci - od genu, které charakterizují rakovinu - urcitou podskupinu, která rídí progresi nádoru. Nyní nová studie ukazuje, jak jedna skupina identifikovala více nez 100 nových takových rakovinových jezdcu.
Jeden z bílkovinných rozhraní zjistených vedcu byl v tomto známém rakovinovém genu EGFR. Cervené skvrny vyzdvihují mutace, které znicí rozhraní protein-protein.
Image credit: Godzik / SBP

Studie, kterou vede Sanford Burnham Prebys Medical Discovery Institute (SBP) v La Jolla, CA, je publikována v casopise PLOS Výpocetní biologie.

Kazdý typ rakoviny je spojen s radou genových mutací, z nichz pouze podskupina je skutecne odpovedná za zvládnutí nádoru.

Rostoucí oblast výzkumu rakoviny je nyní zapojena do prosazování bohatých dat získaných rozsáhlými studiemi sekvenování nádoru k oddelení mutací "cestujících" od mutací "ridice" ve snaze zvýsit nase chápání rakoviny a zlepsit lécbu nemoc.

V této oblasti existuje oblast, která není dobre pochopena a to je úloha genových mutací na takzvaných rozhraních "protein-protein interaction" (PPI) jako ovladace rakoviny.

Proteiny jsou dulezité molekuly, které provádejí ruzné procesy uvnitr a mezi bunkami, vetsinou spojením s jinými bílkovinami. Zpusob interakce bílkovin - jejich rozhraní PPI - se povazují za zivotne dulezitou funkci a vsechno, co zpusobuje jejich selhání - jako jsou mutace genu - muze vést k nemocem, jako je rakovina.

Pro novou studii pouzívaly týmy databázi rakovinových mutací a proteinových struktur k identifikaci mutací v nádorech pacienta, které mení bezné rozhraní PPI.

Vedoucí autor Eduard Porta-Pardo, postdoctorální pracovník spolecnosti SBP, uvádí, ze jejich studie je první, která pouzívá k identifikaci genu ridice v rozsáhlých mnozinách dat o rakovine, jako první, které pouzívají trojrozmerné prvky proteinu, jako jsou PPI. Shrnuje zjistení:

"Nasli jsme 71 rozhraní v proteinech predtím nerozpoznaných jako ovladace rakoviny, predstavující potenciální nové prognostické markery rakoviny a / nebo lékové cíle. Nase analýza také identifikovala nekolik rozhraní ridice ve známých rakovinových genech, jako jsou TP53, HRAS, PI3KCA a EGFR. metoda muze nalézt príslusné geny ridicu rakoviny a ze zmeny proteinových rozhraní jsou bezným patogenním mechanismem rakoviny. "

Zmeny rozhraní PPI obohacené o mutace rakoviny

Pro zkreslení dat vedci pouzívali rozsírenou verzi e-Driver, algoritmus vyvinutý u spolecnosti SBP pro identifikaci proteinových oblastí, které pohání rakovinu.

Tým shromázdil údaje o nádorech z témer 6 000 pacientu v Atlasu genomu karcinomu a více nez 18 000 trojrozmerných proteinových struktur z Protein Data Bank.

Autori tvrdí, ze studie "ukazuje, ze proteiny jako multifunkcní továrny namísto monolitických cerných krabic", je mozné identifikovat nové geny ridicu rakoviny a navrhnout molekulární vysvetlení, proc pacienti se stejnými genotypemi ridice mohou mít odlisné výsledky nebo reagovat odlisne na lécbu .

Senior autor Dr. Adam Godzik, reditel programu Bioinformatika a strukturální biologie v SBP, vysvetluje, jak pouzili e-Driver pro zpracování obrovské datové sady:

"Tento algoritmus analyzuje, zda jsou strukturální zmeny rozhraní PPI obohaceny o mutace rakoviny, a proto mohou identifikovat kandidátní geny ridice."

Dále uzavírá dalsí klícové zjistení:

"Je zajímavé, ze jsme identifikovali nekteré potenciální rakovinové ridice, kterí se podílejí na imunitním systému. S rostoucím zhodnocením dulezitosti imunitního systému pri progresi rakoviny, imunitní geny, které jsme identifikovali v této studii, poskytují nový pohled na to, které interakce mohou být nejvíce postizeny . "

Vzhledem k jejich velikosti by sloni meli být vysoce náchylní k rakovine, ale zrídka se rozvinou. Zdravotní novinky dnes nedávno uvedla studii vedené Univerzitou v Utah School of Medicine, která nabízí nekteré nové stopy o mechanismu, který stojí za odolností slonu vuci rakovine. Psaní JAMA, výzkumníci naznacují, ze informace mohou také osvetlit odolnost proti rakovine u lidí.

Vetsina matek chce kojit co nejdéle

Podle Indexu péce o matku a dítete Philips cekají ocekávaní i noví rodice v USA, co delají, aby zajistily, ze jejich deti budou mít zdravou budoucnost, vcetne jejich kojence co nejdéle. Nove zverejnená speciální zpráva prozkoumala 5 600 rodicu z celého USA, Jizní Afriky, Egypta, U.

(Health)

Doporucení ke zlepsení komunikace mezi pacienty s rakovinou

Komentár zverejnený 19. zárí v casopise Journal of the National Cancer Institute odhaluje, ze onkologové a jejich pacienti jsou stále nárocnejsí pri prijímání obtízných rozhodnutí týkajících se screeningu, prevence a lécby, nebot vetsina pacientu nemá dostatecné znalosti ani prostredky prekládat informace, které mají, kvalitativne a kvantitativne uzitecným zpusobem.

(Health)