cs.3b-international.com
Sledování genomu MRSA by mohlo pomoci pri kontrole ohnisek
Nová studie ukazuje, ze sekvenování celého genomu muze rychle a presne rozlisovat mezi kmeny Staphylococcus aureus rezistentními na meticilin (MRSA) takovým zpusobem, ze soucasné laboratorní metody nemohou. Zrychlení obratu takových dulezitých informací muze pomoci pri kontrole výbuchu nádoru superbugu, uvedli výzkumní pracovníci.
Výzkumníci sekvenovali genomy vzorku MRSA ze skutecného vypuknutí nemocnice a zjistili, ze dokázou presne odlisit kmeny, které byly soucástí epidemie od kmenu, které nebyly, rychlejsí nez bezné metody klinických testu. Navrhují, kdyby to bylo provedeno, mohlo to pomoci pri rízení infekce a rízení pacientu a zkrácení doby výskytu ohniska, ke které doslo v neonatální jednotce intenzivní péce.
Vedci z Wellcome Trust Sanger Institute, University of Cambridge ve Velké Británii a Illumina, svetová spolecnost, která prodává DNA sekvenátory, písou o svých zjisteních v on-line vydání New England Journal of Medicine, NEJM.
Hlavními autory jsou Dr. Sharon Peacock, profesor lékarských a patologických oddelení Cambridge University, Dr. Geoffrey Smith, reditel výzkumu Illumina a Dr. Julian Parkhill z Institutu Wellcome Trust Sanger.
Parkhill rekl tisk:
"Rozlisení mezi kmeny [MRSA] je dulezité pro rízení infekce."
"Rychlá akce je nezbytná pro kontrolu podezrení na ohnisko, ale je stejne dulezité identifikovat nesouvisející kmeny, aby se zabránilo zbytecným uzavrením oddelení a dalsím rusivým kontrolním opatrením. Zdravotní péce potrebuje lepsí a efektivnejsí zpusob, jak identifikovat ohnisko a poté zpracovávat data" vysvetlil.
Peacock rekl: "Dulezitým omezením soucasné metodiky kontroly infekce je to, ze dostupné metody psaní bakterií nemohou rozlisovat mezi ruznými kmeny MRSA."
Rekla, ze tým chtel zjistit, zda úplné genomové sekvenování MRSA muze ríkat odlisné kmeny od sebe na úrovni genomu a zda by tyto informace mohly být uzitecné pri vedení vysetrování ohniska.
Tým se rozhodl prozkoumat nedávné ohnisko, které bylo jiz ukonceno, a pracovat tempo, které by bylo jako pracovat v "reálném case" behem vypuknutí, ke kterému doslo v novorozenecké jednotce nemocnice.
"S vyuzitím technologie rychlého sekvencního zpracování s klinicky relevantním casovým zpozdením jsme retrospektivne sekvenovali DNA ze sedmi izolátu spojených s vypuknutím a dalsími sedmi MRSA izoláty spojenými s prepravou MRSA nebo bakteriemií ve stejné nemocnici," písí.
Porovnáním DNA sekvencí (jednonukleotidových polymorfismu, SNP) v jádrovém genomu s referencním genomem, oni produkovali evolucní strom, který odhalil "zretelný cluster ohnisek izolátu a jasné oddelení mezi temito a nonoutbreak izoláty".
Tým také sestavil "odpor", v podstate seznam vsech MRSA genu, které zpusobují rezistenci vuci antibiotikum. Takový nástroj by mel pomáhat odborníkum ve zdravotnictví rychle identifikovat rezistenci vuci lékum v kmenech MRSA, a tak mohou jednotliví pacienti získat nejvhodnejsí lécbu. Muze také pomoci objevit nové mechanismy protidrogové rezistence.
Také vytvorili "toxom" toxinových genu, které mohou rychle identifikovat ty, které jsou prítomny v kmenech MRSA. V soucasné dobe je lze nalézt pouze s nekolika testy v referencních laboratorích. MRSA produkuje unikátní toxiny, které mohou zpusobit tezká onemocnení, jako je septický sok, pneumonie a komplikované infekce kuze a mekkých tkání.
Ve svém záveru tým píse:
"Sledování celého genomu muze poskytnout klinicky relevantní data v casovém rámci, který muze ovlivnit péci o pacienta. Potreba automatizované interpretace dat a poskytování klinicky významných zpráv predstavují prekázky klinické implementace."
Smith uvedl, ze studie ukazuje, "jak pokroky v sekvenci celého genomu mohou poskytnout základní informace, které pomohou bojovat s vypuknutím nemocnice v klinicky relevantních dobách obratu".
Sekvencní techniky pokrocily tak rychle, a staly se tak presnými a komplexními, dokázali odpovedet na radu otázek, které jsou dulezité pro kontrolu nemocnicních infekcí.
"Nejen, ze bychom mohli rozlisovat ruzné kmeny MRSA v nemocnici, byli jsme schopni rychle charakterizovat antibiotickou rezistenci a toxinové geny prítomné v klinických izolátech," rekl Smith.
Parkhill pridal:
"Soucasné klinické metody k vytvorení vazeb mezi príbuznými kmeny srovnávají vzorec bakteriální citlivosti s profilem antibiotik. Tato metoda byla nepresná. Identifikovali jsme dva kmeny MRSA, které se shodovaly s pouzitím soucasných metod, byly geneticky velmi odlisné."
Vedci navrhují, aby celé sekvence genomu byly jednou z rutinních rysu zdravotní péce a tato studie ukazuje, jak je jeho vyuzití v reálném case významne zmení v kontrole MRSA a dalsích ohnisek v nemocnicním prostredí.
Peacock rekl, ze dalsím krokem je vytvorit interaktivní nástroje, které zdravotníkum umozní interpretovat genomové sekvence automaticky. Teprve poté muze být tato metoda zavedena pro pouzití na klinikách.
Infekce MRSA je závazným problémem verejného zdraví. Dokonce i kdyz je lécba úspesná, muze se zdvojnásobit prumerná doba pobytu pacientu v nemocnici, coz zvysuje náklady na zdravotní péci.
Ve Spojených státech odhady na rok 2008 naznacují, ze více nez 89 500 invazivních MRSA infekcí v tomto roce a více nez 15 200 úmrtí bylo spojeno s superbug.
Napsal Catharine Paddock PhD
Riziko zlomeniny kycelního kloubu nizsí po chirurgii katarakty
Velká americká studie starsích lidí s diagnózou katarakty zjistila, ze riziko zlomeniny kycle je nizsí po operaci katarakty, coz naznacuje, ze chirurgie zlepsující zrak muze snízit pravdepodobnost pádu zpusobeného úrazem. Studie, která se objevuje v on-line vydání JAMA z 1. srpna, uvádí, jak výzkumníci zkoumali údaje o více nez milionu pacientu ve Medicare ve veku 65 let a starsích s diagnózou katarakty a zjistili, ze ti, kterí podstoupili operaci katarakty, meli nizsí pravdepodobnost zlomeniny kycle 1 rok po zákroku, ve srovnání s temi, kterí nemeli operaci.
Diagnostika tuberkulózy je vyssí mezi novými matkami po porodu
Podle nové britské kohortní studie zverejnené online v americkém casopise American Respiratory and Critical Care Medicine American Thoracic Society je výskyt diagnózy tuberkulózy (TB) podstatne vyssí u nových matek po porodu, coz naznacuje, ze tato skupina zen predstavuje potenciálne nová cílová skupina vybraná pro screening.
