DNA Sequencing Technique Vyvinuté polovodice - nízké náklady, prenosné a skálovatelné

Vedci spolecnosti Ion Torrent Systems Inc. vytvorili techniku ??sekvencování DNA pouzívající polovodice namísto nákladné a slozité optické technologie. Ríká, ze jejich zarízení má mnohem nizsí cenu, je prenosné a muze být vylepseno (skálovatelné). Jejich cílem je dosáhnout cílové ceny ve výsi 1.000 USD za genomové sekvenování.
Zakladatel spolecnosti, Dr. Jonathan Rothberg, vynálezce stroje a tým napsal v casopise Príroda tento týden:

"Rozhodující význam sekvencování DNA pro vedy o zivé prírode, biotechnologii a medicínu vedla k vyhledávání více skálovatelných a levnejsích resení."

Spolecnost tvrdí, ze jejich zarízení má siroký rozsah sekvencování DNA od mikrobu po cloveka.
Zarízení, které spolecnost oznacuje jako PGM (osobní genomový stroj), pouzívá masivne paralelní pole polovodicových senzoru, které merí ionty vodíku vzniklé pri replikaci DNA. To se provádí v reálném case. Jednoduse receno, stroj má kremíkový cip, který má 1,2 milionu senzoru sestávajících z drobných jamek - jsou naplneny perlickami obsahujícími retezce DNA, které mají být sekvenovány. Studna má detektory, které merí ionty vodíku, které jsou produkovány behem replikace DNA. Sekvenování DNA muze být dokonceno behem priblizne dvou hodin namísto týdnu.
Viceprezident marketingu a rozvoji podnikání spolecnosti Ion Torrent Systems, Maneesh Jain, uvedl, ze se E-coli v Nemecku a v Cíne byly behem posledních trí dnu zjisteny nepríznivé výskyty ohnisek pomocí PGM, spíse nez nekolik týdnu. To poskytlo zdravotním orgánum hodne casu na to, aby neco udelaly.
Jain dodal, ze spolecnost PGM je pouzívána v laboratorích po celém svete ve více nez 40 zemích.
Dr. Jonathan Rothberg ríká, ze jejich stroj byl pouzíván k dekódování genomu spoluzakladatele spolecnosti Intel, Gordona Moora.
Dr. Rothberg rekl:

"Gordon Moore vypracoval vsechny triky, které nám poskytly moderní polovodice, a tak by mel být první clovek, který by mel být zarazen na polovodic."

Kódovací zarízení DNA se prodává za 49 000 dolaru, coz je podstatne méne nez jeho soucasní konkurenti.
Nekolik spolecností se soutezí o to, aby dosáhlo ceny za 1.000 dolaru za sekvenování lidského genomu, tvrdí cenový odborník, ze by mohl pripravit cestu pro rutinní sekvencování v lékarské praxi. Ion Torrent Systems se domnívá, ze do roku 2013 dosáhnou cíl $ 1000.

Vedci napsali Príroda ze:

"(Genetická varianta genomu Dr. Mooreho naznacuje) 56% sanci na hnedé oci ... typické mnozství frecklingu ... mírne vyssí sance na vuni chrestu v moci."

Autori dodali, ze prekvapive genom Dr. Moore oznacuje vyssí riziko mentální retardace. Zjevne se clovek ukázal být vysoce inteligentní, takze se clovek zajímá, jak uzitecné jsou tyto genomické údaje.
Dr. Rothberg zduraznil, ze jsme prinejmensím deset let od pochopení lidského genomu správne; coz by mohlo být opravdu uzitecné. Nové zarízení je vsak uzitecné, kdyz se zamerujete na výber genu, coz muze být v prípade výzkumu rakoviny.
DNA sekvence je presné usporádání bází - A (adenin), T (thymin), G (guanin), C (cytosin) - v molekule DNA. Sekvenování DNA se týká identifikace presného poradí páru bází v segmentu DNA.
"Integrované polovodicové zarízení umoznující sekvenci neoptických genomu"
Jonathan M. Rothberg, Wolfgang Hinz, Todd M. Rearick, Jonathan Schultz, William Mileski, Mel Davey, John H. Leamon, Kim Johnson, Mark J. Milgrew, Matthew Edwards, Jeremy Hoon, Jan Simons, David Marran, Jason W. Myers, John F. Davidson, Annika Branting, John R. Nobile, Bernard P. Puc, David Light, Travis A. Clark, Martin Huber, Jeffrey T. Branciforte, Isaac B. Stoner, Simon E. Cawley, Michael Lyons et al.
Príroda 475, 348-352 (21. cervence 2011) doi: 10.1038 / nature10242
Napsal Christian Nordqvist