Klinický "primer" genomu a exome sekvencování publikován

Nekterí se mohou zeptat, zda sekvenování genomu a jeho sekvencní exome verze jsou pripraveny k presunu z laboratore do kliniky. Odborníci varují, ze lékari o genetice dostatecne neznají, aby pochopili silné a slabé stránky techto nástroju.

Ale lékari jiz objednali nekolik tisíc testu - zejména na pomoc s prípady vzácných detských onemocnení - coz naznacuje, ze technologie pripravená ci nikoliv vstoupila do oblasti vseobecné lékarské praxe.

Prechod byl dríve, nez se ocekávalo nekdo, a pouzití klinického genomu nebo exome sekvenování (CGES) se pravdepodobne zvýsí, rekli drs. Leslie G. Biesecker a Robert C. Green, dva vedoucí vedci z USA, kterí nacrtli, co lékari potrebují znát, aby mohli efektivne vyuzívat novou technologii. Jejich "primer" je publikován jako zpráva v New England Journal of Medicine.

Dr. Biesecker, vedoucí oddelení lékarské genomiky a metabolické genetiky Národního výzkumného institutu lidského genomu (NHGRI) v Bethesde, ríká, ze "technologie, které byly pouzity pro projekt Lidského genomu, jsou nyní odvozeny praktickými nástroji, pouzívat k diagnostice a, doufejme, lécit onemocnení u pacientu, které nemohly lécit dríve. "

Ríká, ze tato technologie prisla a vyvíjela se rychleji a stala se uzitecnejsí v klinice, nez jakákoli rozumná osoba mohla ocekávat pred deseti lety, kdy bylo nepravdepodobné, ze "by vás nekdo vzal vázne, kdybyste rekl, ze v roce 2014 budou desítky tisíce pacientu by získali klinický genom a exome sekvence. "

Dr. Green, který vede projekt CGES financovaný NHGRI, a nekolik dalsích výzkumných projektu translacní genomiky v Brigham a Women's Hospital a na Harvardské lékarské fakulte v Bostonu ríká: "Toto je transformacní okamzik v historii medicíny, jak zacínáme integrovat genomové sekvenování do péce o pacienty. "

Primer se zameruje na prípady, které je obtízné diagnostikovat

Vysvetluje, ze i kdyz se zameruje na pouzití CGES v prípadech, kdy je diagnóza obtízná, "sekvence je jen zacátek. Muzeme ocekávat, ze tyto technologie nám pomohou prejít celý nás prístup do medicíny k personalizované a preventivní péci . "

Sekvenování genomu hledá rozdíly - na úrovni jednotlivých "písmen" nebo páru bází v DNA - mezi genomem pacienta a referencním genomem najít "variace" nebo "mutace", které mohou zpusobit onemocnení nebo ovlivnit riziko onemocnení. Sekvenování genomu se zameruje na 3 miliardy základních páru lidského genomu.

Exome sekvence je "cut-down" nebo zkrácená verze sekvenování genomu. Vykonává stejné srovnání, ale mnohem mensí mnozství DNA - 1-2%, které kódují bílkoviny a tvorí asi 20 000 genu.

Nekdy nejrychlejsí - a nejlevnejsí - zpusob, jak hledat varianty nebo mutace, které zpusobují onemocnení, je podívat se pouze na exomu.

V roce 2013 se NEJM publikovala studii financovanou NHGRI, která ukázala, jak sekvenování exomu identifikovalo genetickou prícinu onemocnení priblizne u 25% pacientu.

Sekvenování exome identifikuje genové varianty, které zpusobují nebo prispívají k mnoha chorobám, vcetne epilepsie, kardiomyopatie, poruch metabolismu, rakoviny, amyotrofické laterální sklerózy (ALS nebo Lou Gehrigovy nemoci), Charcot-Marie-Toothovy nemoci, mentální retardace a dalsích neuropathu.

Lékari musí pochopit, co CGES muze a nemuze delat

Existuje vsak nebezpecí, ze nová technologie je tak silná, ze lékari mohou mít dojem, ze zodpoví vsechny své otázky. Autori varují, ze lékari musí pochopit, ze to nemuze udelat, a nemusí to být vhodné pro vsechny pacienty.

Základní náter urcuje, co lékari potrebují vedet a delají, aby správne pouzívali CGES. Napríklad:

• Zatímco se nekdy nazývají sekvence "celého genomu" nebo "celý exome", technologie nezahrnují 100% genomu nebo exomu. Tato technologie funguje nejlépe pri hledání zmen v sekvencích, které obsahují osm az 10 páru bází - a proto nemusí vyloucit delsí zmeny nebo opakování, které mohou být odpovedné za genetické onemocnení.
• Tato technologie se nejvíce hodí pro pacienty se vzácnými poruchami zpusobenými variantami v jednotlivých genech. Lékari by meli nahlízet do rodinné anamnézy pro podobné poruchy a provést rozsáhlé vyhledávání literatury pred objednáním pacientu s CGES. Také by meli zajistit, aby získali informovaný souhlas.
• Neocekávejte, ze exkomunikacní sekvence poskytuje diagnózu. Vetsina testu nevykazuje zádné výsledky - pouze 25% z nich v prumeru nalezne variantu genu, která muze zpusobit nebo zvýsit riziko onemocnení. Naopak negativní výsledek neznamená, ze neexistuje zádná genetická prícina.
• Ve vetsine prípadu identifikace genetické príciny nevede k vylécení. To ale nutne neznamená, ze test byl ztrátou casu a nákladu - muze to zabránit tomu, aby pacient musel podstoupit invazivní a stresující alternativní diagnostické postupy.
• Test muze odhalit genové varianty u nemocí, které nesouvisejí s primární poruchou pacienta.
• Je nezbytné, aby pacienti a jejich rodiny meli poradenství. To muze pripravit pacienty na moznost zklamání, nebot test - který muze být drahý - nemusí pomoci lékarum dosáhnout diagnózy nebo poskytnout rozhodující odpoved.

Autori tvrdí, ze není jasné, zda budou pojistovny platit za vsechny nebo nekteré náklady na testy CGES, ackoli Dr. Biesecker ríká, ze slysel zprávy z nekterých laboratorí, které pojistovny jim hradí.

V záverecném komentári ríká, ze lékari, kterí premýslejí o pouzití CGES, by se meli naucit, jaké nemoci mohou testy a které nelze zvládnout, jaké rodinné historie naznacují prícinu jediného genu a jak interpretovat nejednoznacné výsledky, a vyzývá:

"Pokud jste ochotni se naucit tyto veci, myslím, ze muzete test pouzít klinicky. Pokud se nechcete naucit tyto veci, pravdepodobne byste si nemeli objednat test a pravdepodobne byste se meli pacienta obrátit na nekoho kdo je ochoten se naucit tyto veci. "

Mezitím, Zdravotní novinky dnes nedávno se dozvedeli, jak výzkumníci z Oxfordské univerzity ve Velké Británii vyvinuli pocítacový algoritmus, který pomáhá diagnostikovat vzácné genetické poruchy u detí z fotografií. Psaní v casopise eLife, výzkumníci popisují, jak metoda hledá strukturální shody mezi tváremi ve fotografiích a tvárových rysech charakteristických pro urcité podmínky, jako je Downuv syndrom, Angelmanuv syndrom a progerie.

Domov v materství navstíví zachránené zivoty v chudých ctvrtích v Memphisu

Péce o tehotné zeny, následované domácími návstevami po porodu az po detství, snízilo úmrtnost jak u matek, tak u detí v zanedbaných oblastech Memphis studované randomizovaným klinickým hodnocením. Výsledky, publikované v casopise JAMA Pediatrics, naznacují, ze úmrtí ze vsech prícin u matek a úmrtí z preventivních prícin u detí byly snízeny osetrovatelskou pomocí.

(Health)

Chirurgická menopauza zpusobuje pokles pameti

Ranní chirurgická menopauza u zen byla spojena s poklesem pameti a myslení, podle nového pruzkumu predstaveného na 65. výrocním zasedání americké akademie neurologie. Zeny, které prodelaly operaci, mají odstranené oba vajecníky predtím, nez prozívají prirozený menopauz, postup se nazývá ooporektomie.

(Health)