"Blind spots" v DNA mohou zakrývat rakovinné geny

Ackoli technologie ctení genu je pokrocilá a sofistikovaná, existují urcité cásti DNA, které se s dokonalým resením nedarí. napríklad jsou opakované oblasti DNA, které zpusobují, ze strojní zarízení "koktání". Existuje vsak zpusob, jak tyto "slepé skvrny" prozkoumat a zjistit, zda zakrývají rakovinné geny.
Vedci pouzili dve obrovské databáze genu pro rakovinu, aby lokalizovaly slepé skvrny v DNA, které mohou obsahovat geny zpusobující rakovinu.

Toto bylo záver nové studie od vedcu spolecnosti Cancer Research UK pracujících na univerzite v Manchesteru ve Velké Británii, kterí o svých zjisteních v casopise hlásili Výzkum rakoviny.

Tým nalezl více nez 400 slepých míst v DNA, které by mohly uchránit genetické poruchy zpusobující rakovinu, jak ríká vedoucí badatel Andrew Hudson, klinický pracovník Manchester Cancer Research UK.

"Geny za rakovinou jsou jako príbeh. Zatímco jsme mohli císt vetsinu knihy pomocí technologie ctení genu, limity techto nástroju znamenají, ze chybí nekteré stránky."

"Tyto stránky by mohly být jen nedulezitým plnicem," dodává, "ale premýslíme, jestli by mohly mít v zápletu dulezité zákroky, které by mohly ovlivnit nase chápání rakoviny. Dalsím krokem v nasí práci bude najít zpusob, jak je otevrít oblasti, které vám pomohou sjednotit celý príbeh. "

Tým srovnal dve obrovské databance rakovinných genu

Chcete-li hledat "chybející stránky", tým porovnal dve prominentní databázi sekvencování genomu rakoviny, která získala své informace ze studií laboratorních rakovinných bunek, a porovnali vsechny geny, o kterých je známo, nebo které jsou podezrelé z úcasti na rakovine, jakékoliv nesrovnalosti.

Dve databáze pouzívají CCLE, encyklopedie bunecné linie rakoviny a COSMIC, katalog somatických mutací v rakovine.

Psali, jak jejich analýza "odhalila výrazné nesrovnalosti pri detekci chybných mutací v identických bunecných liniích (shoda 57,38%)" a poznamenávají, ze hlavním duvodem nesrovnalosti je "nedostatecné sekvenování oblastí bohatých na GC".

Jinými slovy, v nekterých oblastech DNA doslo k více nez 40% nesouladu v kódové sekvenci dané dvema databázemi, prestoze informace pocházejí z identických bunecných linií. Autori poznamenávají, ze tyto neshody se vyskytovaly v oblastech DNA "bohatých na GC". GC znamená guanin a cytosin, dva ze ctyr stavebních bloku DNA.

Také, jako dukaz principu, který by ukázal, ze je treba se více zamerit na nevidomé oblasti pro nové rakovinové ridice, se tým soustredil na nove identifikovanou mutaci genu PAK4. Ukázali, ze "specifické zamerování a sekvencování" slepých skvrn bohatých na GC "muze vést k identifikaci nových mutací ridicu ve známých nádorových supresorech a onkogenech."

Dospeli k záveru, ze jejich studie ukazují, ze krízové odkazy mezi genetickými databázemi bezne pouzívaných bunecných linií, je mozné objevit nové ovladace rakoviny - pri pohledu do spatne sekvenovaných oblastí.

"Prohloubení se do genetického puvodu rakoviny" k nalezení spoustecu onemocnení

Nell Barrie, vedoucí vedeckého informacního manazera spolecnosti Cancer Research UK, ríká:

"Tím, ze se dostaneme hloubeji do genetického puvodu rakoviny, muzeme zjistit zpusob, jakým se onemocnení vyvolává a rozvíjí. To nám muze pomoci vyresit to z korene, címz poskytne více pacientum s rakovinou sanci na prezití této nemoci."

V ríjnu 2014, Zdravotní novinky dnes se dozvedeli, jak mohou být v boji proti rakovine dulezité, jak bunky kopírovat chromozomy. Vedecký tým zjistil, ze pokud je po rozlození chromozomu kompletní slozka pro odvíjení retezcu DNA nedotcena, muze dojít ke zmatku s bunecným delením, coz je známý spoustec rakoviny.